Mi experiencia fue que instalé el Tomcat mediante el Synaptic y al parecer a Netbeans no le gusta este tipo de configuración, porque al tratar de configurar un nuevo servidor web Tomcat desde el IDE me marcaba un error de que el archivo “(catalina_home)/conf/server.xml” no es válido. El problema es que Ubuntu instala el archivo server.xml en la carpeta /etc/tomcat6, por lo que tenemos que ejecutar el siguiente comando para corregirlo:

sudo ln -s /etc/tomcat6 /usr/share/tomcat6/conf

Ahora dentro de Netbeans le podemos dar la ruta correcta del tomcat que es

/usr/share/tomcat6

Espero que este pequeño tip les ayude a resolver este problema.